Description : 

當在git project 底下，若有些檔案無法加入(git add)，很有可能是被 git ignore了。
詳細說明參考這篇(http://stackoverflow.com/questions/1084969/unable-to-track-files-within-git-submodules)
以下節錄相關的說明
大部分的情況下，檔案被 git ignore，有2個主要原因：.gitignore 和 submodule。
.gitignore 是一個說明檔和 .git 位於同一層，主要的用途就是忽略不需要追蹤的檔案。
以 android project 為例，當進行clean 和build 的動作都會讓bin/ 資料夾內的檔案重新生成。
這些重新生成的檔案多半是不需要追蹤，因此就能藉由 .gitignore 說明檔來描述哪些檔案不需要追蹤。
以下為簡單的範例
這是剛建立完成android project並初始化 git(git init)的情況。可以看到 bin/ 資料夾。

# On branch master
#
# Initial commit
#
# Untracked files:
#   (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
#
#	.classpath
#	.project
#	AndroidManifest.xml
#	bin/
#	gen/
#	ic_launcher-web.png
#	libs/
#	proguard-project.txt
#	project.properties
#	res/
#	src/

接著建立 .gitignore 檔案。
vim .gitignore 並填入 bin/ （bin/ 的意思為忽略 bin/ 內所有檔案）
再輸入 git status 觀察，可以看到多了.gitignore ，少了bin/

# On branch master
#
# Initial commit
#
# Untracked files:
#   (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
#
#	.classpath
#	.gitignore
#	.project
#	AndroidManifest.xml
#	gen/
#	ic_launcher-web.png
#	libs/
#	proguard-project.txt
#	project.properties
#	res/
#	src/

此即為第一種 git ignore 的情況，若直接輸入 git add bin/ ， git 會說明情況

The following paths are ignored by one of your .gitignore files:
bin
Use -f if you really want to add them.
fatal: no files added

強制加入請輸入 git add –force bin/

# On branch master
#
# Initial commit
#
# Changes to be committed:
#   (use "git rm --cached <file>..." to unstage)
#
#	new file:   bin/AndroidManifest.xml
#	new file:   bin/R.txt
#	new file:   bin/classes/android/support/v7/appcompat/R$anim.class
#	new file:   bin/classes/android/support/v7/appcompat/R$attr.class
#	new file:   bin/classes/android/support/v7/appcompat/R$bool.class
#	new file:   bin/classes/android/support/v7/appcompat/R$color.class
#	new file:   bin/classes/android/support/v7/appcompat/R$dimen.class
#	new file:   bin/classes/android/support/v7/appcompat/R$drawable.class
#	new file:   bin/classes/android/support/v7/appcompat/R$id.class
...

 
第2種情況為 submodule。
這種情況比較複雜一些，必須進行4個步驟。
Note : 注意這4個步驟可能會毀損 git repo，若不確定情況，可以先試試第3步驟。
1. 在.gitmodule中刪除相關的連結
2. 在.git/config中刪除相關的連結
3. 執行 git rm –cached path_to_submodule

rm 'path_to_submodule'

4. 執行 git commit

a[master 5c270a9] [xxxx] Remove file in submodule.
 1 file changed, 1 deletion(-)
 delete mode 160000 path_to_submodule